中債信用增進公司按照建立現代企業法人治理結構的要求，規范運作，成立了股東大會、董事會和監事會，董事會下設戰略與投資管理委員會、預算與薪酬管理委員會、審計與風險管理委員會等專業委員會，為決策提供支持。經營管理層實行總裁負責制，并構建了符合內部控制管理要求的前、中、后臺組織管理架構。